Z území České republiky je či bylo v minulosti potvrzeno podle současného stavu vědomostí 856 druhů mechorostů (4 druhy hlevíků, 206 druhů játrovek a 646 druhů mechů) s 25 dalšími akceptovanými infraspecifickými taxony. Z tohoto počtu 881 taxonů je k současnému datu (konec roku 2004) 27 považováno za lokálně vyhynulé, 56 dalších je nezvěstných déle než ca. 25 let, 70 taxonů je považováno za kriticky ohrožené (kategorie CR), 72 za ohrožené (kategorie EN) a 74 za zranitelné (VU). 57 taxonů je řazeno do kategorie druhů blízkých ohrožení (LR-nt) a 67 do kategorie nedostatečně známých (DD). Z hlediska biotopů v kategorii vodních toků a nádrží (V) mezi ohroženými figurují pouze velmi vzácné, případně nezvěstné druhy. Nejvýznamnějším biotopem kategorie M je málo prozkoumaná efemerní vegetace letněných rybníků (případně analogické biotopy). Jednou z nejvýznamnějších kategorií biotopů pro výskyt ohrožených druhů mechorostů je kategorie R, zejména ve skupině slatinných a přechodových rašelinišť (R2). Kategorie S je z hlediska mechorostů rovněž významná, avšak poměrně nevhodně členěná a obtížně vymezitelná vůči některým podkategoriím ze skupiny alpínského bezlesí (zejm. A5-6). Rozhodujícími faktory pro mechorosty zde jsou chemismus, případně i fyzikální vlastnosti (např. charakter zvětrávání) substrátu spolu s gradientem teploty a oslunění. V kategorii T mají pro ochranu mechorostů význam prakticky pouze rozvolněné xerotermní trávníky, přecházející (a rovněž z hlediska mechorostů obtížně vymezitelné) do společenstev skalních stepí až drolin. Křovinná stanoviště (K) nemají žádné charakteristické druhy, které by se vyskytovaly pouze zde. Velmi významné jsou lesní biotopy (L), jejichž členění v Katalogu biotopů je ovšem pro mechorosty zcela irelevantní. Ohrožené druhy se vyskytují buď jako epifyty (prakticky výhradně na listnáčích, avšak nezávisle na míře přimíšení jehličnanů) nebo jako epixylické druhy (v této kategorii prakticky bez rozlišení substrátu – rozhodující je zde spíše vlhkost a zastínění). Významné epifytické druhy se mohou vyskytovat bez vazby na přirozený lesní biotop, tedy i v rámci biotopů ovlivněných člověkem (X). Z hlediska výskytu ohrožených druhů je rovněž významné prolnutí epixylických druhů a druhů rostoucích na stinných a vlhkých pískovcových skalách (obě kategorie v katalogu biotopů chybí).
V České republice se vyskytuje celkem 36 druhů vyšších rostlin podle přílohy II Směrnice č.92/43/EEC (dále jen Směrnice) přičemž 35 z nich je považováno za ohrožené, pouze Trichomanes speciosum se jeví jako méně ohrožený. Druhy této skupiny lze rozdělit do tří kategorií podle jejich vazby na jednotlivé biotopy. Především to jsou druhy v ČR úzce vázané na určitá společenstva v rámci jednoho biotopu a tyto biotopy pak mají pro komplexní ochranu druhů zásadní význam. Většinou se jedná o diagnostické druhy příslušných jednotek (Campanula gelida, Coleanthus subtilis, Crambe tataria, Dianthus lumnitzeri, Liparis loeselii, Luronium natans, Poa riphaea a Stipa zaleskii). Dále je to skupina druhů, které se v ČR vyskytují ve více biotopech zpravidla jedné formační skupiny. Až na Cirsium brachycephalum se jedná o druhy vázané na suché trávníky (např. Artemisia pancicii, Pulsatilla grandis či Dianthus moravicus), popř. trávníky na mělkých a písčitých půdách (např. Jurinea cyanoides a Dianthus arenarius subsp. bohemicus), výjimečně i smilkové trávníky (Gentianella praecox subsp. bohemica). Poslední skupinu tvoří druhy rostoucí v ČR ve více biotopech několika formačních skupin (např. Asplenium adulterinum, Campanula bohemica, Pulsatilla patens). Jsou to druhy, jejichž cenologická vazba je širší až velmi široká (např. Cypripedium calceolus). S výjimkou Campanula bohemica jsou tolerantní k zastínění a kromě světlých stanovišť jsou schopny osidlovat i lesní biotopy, včetně biotopů ekotonálního charakteru. Druhy této skupiny se vyskytují v biotopech těchto formačních skupin – A, A6, S, M, R, T, T3, T5, L, L6
Houby (Fungi) tvoří významnou složku většiny biotopů. Pro účely této publikace jsou z praktických důvodů probírány jen tzv. makromycety. V České republice žije 4-5 tisíc druhů makromycetů. Pokud jde o konkrétní ohrožené druhy hub, pak zatím není možné vycházet z podrobného Červeného seznamu, protože ještě nebyl publikován (vyjde v roce 2006). Pro 4. díl Červené knihy SR a ČR bylo podrobně zpracováno jen 119 ohrožených druhů hub, do novely vyhlášky o zvláště chráněných druzích organismů je nyní navrhováno 95 druhů. Valná většina ze všech těchto hub je vázána na ohrožené biotopy, resp. tyto biotopy mohou být charakterizovány i pomocí výskytu vzácných nebo indikačních druhů hub. Výskyt určité houby na určitém stanovišti je dán širokým komplexem nejrůznějších faktorů, které se značně liší od těch, které určují výskyt např. cévnatých rostlin.Některé druhy nebo skupiny hub lze použít jako výborné indikátory stupně přirozenosti vegetace, půdních poměrů, biologických vlastností humusu, změn makro-, mezo- i mikroklimatu a civilizační zátěže životního prostředí. Je při tom ovšem třeba brát v úvahu specifika biologie a ekologie hub. Je shrnut výskyt některých velmi vzácných druhů hub v ČR a dále zastoupení makromycetů ve formačních skupinách biotopů ČR. Na závěr jsou probrány nejdůležitější faktory, které houby v současnosti ohrožují a také nejdůležitější literatura k veškeré probírané tématice.
Z území České republiky je či bylo v minulosti udáváno přes 1500 druhů lišejníků neboli lichenizovaných hub (bez hub lichenikolních). Řada taxonů a dokladů však dosud nebyla podrobena revizi, na druhé straně je naše lišejníková flóra stále nedostatečně známa a také v současnosti je řada taxonů nově objevována – proto přesný počet druhů lišejníků se neustále mění. Údaje o rozšíření jsou v mnoha případech staré až velmi staré a současný stav rozšíření většiny lišejníků není příliš znám. Změny v rozšíření lišejníků byly podrobně zkoumány pouze u několika vybraných druhů. Červený seznam lišejníků ČR dosud publikován není, podíl ohrožených druhů naší flóry je u lišejníků proto pouze hrubě odhadován na 40% (bez vyhynulých a nezvěstných, kterých je odhadováno 15%). Z hlediska biotopů jsou vodní toky a nádrže (V) i mokřady a pobřežní vegetace (M) pro lišejníky málo významné. V rámci kategorie prameniště a rašeliniště (R) jsou pro lišejníky významnější vrchoviště, kde se vyskytují jak zástupci s širokým rozšířením (druhy r. Cladonia), tak i mikrolišejníky s užší vazbou. Naproti tomu biotop skály, sutě a jeskyně (S) je pro lišejníky typický, často zde tvoří dominantu. V rámci této kategorie se lišejníky méně uplatňují na pohyblivých sutích (S2) a v podskupinách charakterizovaných rozvojem vyšších rostlin (S1.3 až S1.5). Rovněž v alpínském bezlesí (A) mají lišejníky významné kvalitativní i kvantitativní zastoupení. V sekundárních trávnících a vřesovištích (T) se lišejníky uplatňují jedině ve skupinách T3, T8, méně též T5 a T6. V kategorii křovin (K) se lišejníky vyskytují pouze epifyticky, ovšem bez specifické vazby. Biotop lesy (L) je významný především pro epifyty, v menší míře též pro epigeické lišejníky. Řada zástupců je vázána na přirozené lesy, a proto tyto lišejníky jsou indikátory kontinuity vývoje tohoto biotopu. Nejvýznamnější biotop v tomto ohledu představují bučiny (L5) s řadou fytogeograficky a indikačně významných druhů, podobně i rašelinné lesy (L10) a blatkové bory (L10.4). Kategorie L7 až L10 jsou význačné zejména výskytem boreálních lišejníků. V rámci biotopů silně ovlivněných nebo vytvořených člověkem (X) jsou nejzajímavější haldy po dolování kovů. Mezi hlavní faktory nejvíce ohrožující lišejníky patří globální civilizační zátěž životního prostředí (znečištění ovzduší, vod, eutrofizace, acidifikace) a přímá likvidace, poškozování nebo změna stanovišť. Přímý sběr má malý význam.
Na území ČR se v současnosti vyskytuje 504 druhů čeledi střevlíkovitých (Carabidae). Červená kniha střevlíkovitých byla zpracována Hůrkou (v tisku). Střevlíkovití jsou zejména velmi citlivými indikátory změn vlhkostních poměrů v krajině. Nejdůležitějšími formačními skupinami biotopů pro střevlíkovité z hlediska výskytu okrožených druhů jsou v pořadí podle jejich významu: sekundární trávníky a vřesoviště, mokřady a pobřežní vegetace, lesy, prameniště a rašeliniště, alpinské bezlesí, skály a sutě. Tři druhy jsou vázány na biotopy silně ovlivněné a přeměněné člověkem (aleje).
Na území ČR se v současnosti vyskytuje 1406 druhů čeledi drabčíkovití (Staphylinidae). Z celkového počtu druhů vyskytující se na našem území bylo 124 druhů zařazeno mezi kriticky ohrožené (CR), 228 druhů mezi ohrožené (EN) a 204 druhů mezi zranitelné (VU) (Boháč, Matějíček, Rous, v tisku). Vyhynulé druhy nebyly prokázány. Drabčíkovití jsou zejména velmi citlivými indikátory změn vlhkostních poměrů v krajině. Nejdůležitějšími formačními skupinami biotopů pro drabčíkovité z hlediska výskytu okrožených druhů jsou v pořadí podle jejich významu: lesy, mokřady a pobřežní vegetace, sekundární trávníky a vřesoviště, prameniště a rašeliniště, lesy, alpinské bezlesí, skály a sutě, křoviny.
Do autochtonní fauny České republiky patří 160 druhů motýlů, z toho 17 je lokálně vyhynulých, 20 druhy kriticky ohrožených a 43 ohrožených či zranitelných. Indikační význam skupiny je obrovský zejména díky kvalitní znalosti historického a současného rozšíření a snadné identifikaci přímo v terénu. Indikaci však nelze zaměňovat s korespondencí výskytu s fytocenologicky definovanými biotopy, což ukazuje i rozbor stanovištních požadavků našich nejohroženějších druhů. Protože mnozí motýli využívají různé typy zdrojů, je shoda mezi jejich nároky a vegetačně definovanými biotopy často velmi slabá: spíše než o floristické složení vegetace jde motýlům o prostorovou strukturu stanovišť, míru heterogenity vegetační mozaiky nebo rozmístění vegetačních jednotek v krajině. Odhlédneme-li od těchto komplikací, najdeme ohrožené motýly ve všech typech biotopů s výjimkou biotopů vodních. Zvláštním případem jsou lesy – vysokokmenné zapojené lesy jsou v nížinách a pahorkatinách střední Evropy relativně novým biotopem, většina lesních motýlů byla adaptována na mnohem světlejší typy výmladkových lesů a v současnosti plošně ustupuje. Překvapivě vysoký počet ohrožených druhů obývá postindustriální stanoviště typu lomů a výsypek, kam byli zatlačeni z intenzívně využívané zemědělské krajiny.
Ke konci roku 2004 evidujeme na území České republiky výskyt 849 druhů pavouků. Jeden druh, velkého a nápadného slíďáka tatarského, Lycosa singoriensis, považujeme za vyhynulý. Asi 26 % druhů považujeme za obecně ohrožené (CR, EN, VU), asi 5 % druhů by vyžadovalo další údaje pro ocenění z hlediska stupně jejich ohroženosti (DD). Nejvíce ohrožených druhů (83) má typický výskyt na travnatých stepích a skalních stepích (T3). Druhý nejpočetnější soubor ohrožených druhů (18) hostí jihomoravské písčiny (T5.4). Vzhledem k tak vysokému počtu ohrožených druhů však mají, ve srovnání s ostatními biotopy, jihomoravské písčiny nepoměrně málo chráněných lokalit. Celkem 13 ohrožených druhů hostí rašeliniště (R), celkem 18 druhů ohrožených druhů pak různé další typy mokřadů (M). Mimořádným typem biotopu jsou podmrzající kamenité sutě, které hostí pozoruhodný komplex chladnomilných organismů v nízkých nadmořských výškách. Unikátní biotop představuje starý zámecký park se soliterními věkovitými stromy v Lednici. Tento park je jediným místem výskytu několika druhů pavouků v České republice.
V České republice žije 240 druhů měkkýšů, z toho 2 druhy jsou lokálně vymřelé, 23 druhy kriticky ohrožené a 30 ohrožených. 15 druhů řadíme do kategorie s nedostatečným počtem údajů (DD). Jednotlivé kategorie vodních biotopů (V) necharakterizují přesně výskyty významných druhů. Je zde například úzká souvislost mezi kategoriemi V2 a M3 jako prostředí pro druhy periodických tůní. V rámci mokřadů a pramenišť (M a R) najdeme řadu ohrožených druhů, klíčovým faktorem pro měkkýše je zde chemismus mokřadu. Podobně kategorie druhů žijících na skalních stěnách (S) zahrnuje některé striktně kalcikolní ohrožené druhy. U sutí a drolin je pak nejdůležitější expozice svahu a vrstva opadu okolních listnáčů napadaná na kamenech. Ta má větší význam než geologický substrát. Významné druhy alpínského bezlesí (A), se u nás prakticky nevyskytují. U sekundárních trávníků (T) má význam hloubka půdního horizontu, takže lze tyto biotopy rozdělit na skalní stepi (T3) a stanoviště s hlubokým humózním horizontem (T1). Velký význam má i vlhkost a chemismus. Křovinná stanoviště (K) nemají žádné charakteristické druhy, které by se vyskytovaly pouze zde. Řada citlivých druhů měkkýšů je obecně lesních (L), to však neznamená, že se vyskytují ve všech typech lesa, dávají přednost lesům s ušlechtilými listnáči s citrátovým vápníkem v opadu, což je spolu s přítomností padlých kmenů klíčový faktor této kategorie. I v rámci kategorie biotopů ovlivněných člověkem (X) najdeme biotopy hostící citlivé druhy, zejména je třeba zdůraznit význam hradních zřícenin jako refúgií ohrožených druhů. Měkkýši jsou skupinou úzce spjatou s vegetací a proto je ochrana vhodných biotopů, byť ne vždy shodně definovaných, pro jejich ochranu klíčová.
V České republice bylo zjištěno cca 389 druhů obratlovců včetně ryb a mihulí. Z toho 21 (5,4 %) druhů je v současnosti regionálně vymizelých (RE) a 109 (28,0 %) ohrožených (EN) a kriticky ohrožených (CE). U 11 (2,8 %) druhů bylo konstatováno, že neexistuje dostatek podkladů pro zhodnocení (DD). V biotopech "Vodní toky a nádrže" (V) není pro suchozemské obratlovce prvořadá makrofytní vegetace, ale forma vodních mas. K této formační skupině bylo přiřazeno 6 druhů obratlovců téměř výlučně se statutem CE a dalších 42 druhů s ostatním hodnocením. Biotopy "Mokřadní a pobřežní vegetace" (M) vytvářejí velmi hodnotné enklávy, na které je vázána velká část našich chráněných obratlovců. Přiřazeno bylo 13 druhů v kategorii CE a 74 v dalších kategoriích. "Prameniště a rašeliniště" (R) zahrnují biotopy menšího rozsahu, které mají význam pro menší formy obratlovců díky strukturně-vegetačním a mikroklimatickým podmínkám. Přiřazeny byly 4 druhy CE a 25 druhů v dalších kategoriích. Formační skupina "Skály, sutě a jeskyně" (S) zahrnuje biotopy menšího rozsahu, které jsou hnízdním prostředím nebo nabízejí zásadní denní a sezónní úkryty pro netopýry (Microchiroptera). Přiřazeno bylo 5 druhů CE a 24 druhů následujících kategorií. "Alpínské bezlesí" (A) vytváří, kromě jiného, prostředí pro severské druhy. Přiřazeno bylo 5 druhů CE a 13 druhů dalších kategorií. Osídlení "Sekundárních trávníků a vřesovišť (T) je určováno především strukturou porostu. Bohatost osídlení obratlovci se silně zvyšuje roztroušenými keři nebo stromy a blízkostí jiných habitatů. Přiřazeno bylo 7 druhů CE a 52 druhů z dalších kategorií. "Křoviny" (K) vytvářejí velmi členité prostředí, které je pro obratlovce vhodným prostředím jak z trofického tak topického hlediska. Přiřazeno bylo 7 druhů CE a 45 druhů z dalších kategorií. Porosty "Lesy" (L) byly a stále ještě jsou dominujícími biotopy na našem území. Přiřazeno bylo 18 druhů CE a 79 druhů z dalších kategorií.